Spineモデルの半透明部分が透けてしまう問題は、Write to Depthを有効にした際の一般的な問題です。以下の方法で改善を試みることができます：

1. Depth Alpha Cutoffの調整:
   現在、Depth Alpha Cutoffを0.5に設定しているようですが、これを微調整して最適な値を見つけることが重要です。高すぎる値は描画の美しさを損なう可能性があるため、適切なバランスを見つける必要があります。

2. シェーダーのカスタマイズ:
   Spine/Skeleton Lit ZWriteのようなシンプルなシェーダーをベースに、必要に応じてカスタマイズすることが考えられます。以下のようにシェーダーを変更してみてください：

      Shader "Spine/Skeleton Lit Depth Write" {
          Properties {
              // 既存のプロパティ
          }
          SubShader {
              Tags { "Queue"="AlphaTest" }
              Pass {
                  ZWrite On
                  // 既存のシェーダーコード
              }
          }
      }

   これにより、深度バッファへの書き込みを有効にしつつ、透明度の問題を軽減できます。

3. 描画順序の調整:
   SkeletonAnimationコンポーネントのZ Spacingを調整することで、描画順序を変更し、透明部分の問題を軽減することができます。現在は-0.01に設定されていますが、他の値も試してみてください。

4. Stencil Bufferの使用:
   ステンシルバッファを使用して、透明部分の描画を制御する方法もあります。以下のようにシェーダーを変更してみてください：

      Pass {
          Stencil {
              Ref 1
              Comp Always
              Pass Replace
          }
          ColorMask 0
      }

   これにより、透明部分が正しく描画されるようになります。

これらの方法を試して、最適な解決策を見つけてください。

Hatahata 詳細な条件を添えてご質問いただきありがとうございます。ただ恐れ入りますが「現在得られている結果」と「期待している結果」が分からないとアドバイスをすることが難しいため、Spineboyなどのサンプルスケルトンに、カスタマイズしたシェーダーを適用した画像を投稿していただけないでしょうか？
お手数ですが正確なサポートのためにご協力いただけますと幸いです。

Hatahata 画像を投稿していただきありがとうございます！この問題については以下のスレッドのHaraldの回答が参考になるかと思います:
https://ja.esotericsoftware.com/forum/d/11454-sprite-shader-depth-write/5

In this case you cannot handle this in a single render pass - that's where you need the two different alpha cutoff thresholds:
1) one that is low enough to not discard the transparent pixel in the first pass, and then
2) another one at e.g. 0.5 that blurs everything that is mostly transparent and therefore shall count as background.
This case is where the camera.RenderWithShader() replacement shaders come in handy, since they can render another pass just to write different depth values.

もし異なるアルファカットオフしきい値で2回描画するようにしてみても問題が解消しなければ再度ご質問いただけますと幸いです。

@Hatahata Thanks for sharing a screenshot of the issue, this helps a lot. The issue is showing a theoretical problem when rendering transparent objects while writing to the Z Buffer, which can unfortrunately not be solved perfectly. The general problem is that opaque and alpha-tested objects are rendered in front-to-back order while writing to the Z-buffer. Then afterwards transparent objects are rendered in back-to-front order, but they don't render where the Z-buffer is already set to a closer distance.

The quality-wise best solution, as Misaki mentioned, would be to render the object twice:

1. Low-Quality write to Z-Buffer: With alpha-test and write-to-depth enabled and a more aggressive alpha threshold (a value close to 1.0 or at 1.0) which cuts away more, but writes to the z buffer for the screen-space reflection post processing effects.
2. High-Quality transparent: Render the mesh with normal transparency settings, write-to-depth disabled.

This way you should get the normal high-quality blending in semi-transparent areas, while the Z-buffer will only be written at opaque pixels.

Another solution (or improvement in general) would be to change the Render Queue setting of the Material which writes to the Z-buffer from Alpha Test to Transparent. You could also experiment with setting the Render Queue to Transparent - 1 and + 1 respectively.